Brouage fut fondée en 1555 par sur un ancien dépôt de lest formant des bombements de galets et de vase. Brouage était l'avant-port du village de Hiers, il est conçu tout d'abord sans intentions militaires mais pour être un centre de négoce. La citadelle de Brouage a ainsi un riche passé historique.

La cité eut d'abord une vocation commerciale, grâce à « l'or blanc » : le sel. A partir  du XIV° siècle, le commerce du sel de Brouage prit une dimension internationale. Le port devint le plus important d’Europe et faisait vivre tout un peuple (sauniers, mariniers, pêcheurs de morue, etc.) en rapportant des droits et taxes au clergé et à la noblesse locale. Jusqu'à 200 bateaux pouvaient venir mouiller dans le port. La cité était alors un lieu d'approvisionnement en sel pour les pêcheurs de morue de Terre-Neuve.

Pendant les guerres de religion, la ville est tour à tour prise par les catholiques et les huguenots. En 1576, lors de la sixième guerre de religion, le duc de Guise prit la ville afin de compléter l’encerclement de la place protestante de La Rochelle. Cette même année, Henri de Navarre, futur Henri IV, séjourna dans la citadelle. En 1578, le roi Henri III décide que la ville, devenue trop importante, ne doit ni tomber aux mains des protestants ni dans celles des Anglais, et en fait une ville royale : elle devient un coffre-fort du pouvoir central. En 1586, les Rochelais rendirent inutilisable le port de Brouage. Le prince de Condé fit couler des bateaux pour bloquer le port et celui-ci ne fut d’ailleurs jamais totalement dégagé par la suite.

En 1626, Louis XIII l'intégra au royaume de France, la cité prit alors le nom de Brouage. Le gouverneur en titre de la cité était Jean Armand du Plessis, Cardinal de Richelieu. À cette époque, la ville comptait 4000 habitants et était toujours une place de négoce : on y trouvait de tout et la cité était très cosmopolite. Point stratégique, elle devint le cœur logistique de la machine de guerre royale pour conquérir La Rochelle. En 1628, Louis XIII visita le port. Entre 1630 et 1640, Richelieu ordonna la construction d’une nouvelle enceinte réalisée par Pierre de Conty d'Argencour. Le bourg de Hiers, de son côté, était devenu l'arrière-cour industrieuse de Brouage : c'est là qu'étaient installés tous les métiers du bâtiment (charpentiers, maçons…) de l'armurerie et de la marine. Certaines enseignes sculptées de l'époque sont encore visibles çà et là.
En 1653, Mazarin devint gouverneur de Brouage. En 1659 celui-ci hébergea sa nièce, Marie Mancini pour l'éloigner du jeune Louis XIV qui la courtisait mais qui devait épouser pour des raisons politiques l'infante Marie-Thérèse d'Autriche (1638-1683). Du haut des remparts, Marie Mancini y pleura son amour impossible contrarié par la raison d’état.

Né à Brouage vers 1570   (entre 1567 et 1580 selon les sources), Samuel de Champlain, géographe royal, partit pour la Nouvelle-France pour la première fois en 1603. Il réalisa par la suite 21 voyages en tout entre la France et la Nouvelle-France.

La colonisation de la Nouvelle-France commence donc véritablement par la fondation de la ville de Québec par Samuel de Champlain en 1608. Champlain, qui fut d’abord impliqué dans des activités de pêche dans le golfe du fleuve Saint-Laurent, comprend vite l’intérêt du commerce des fourrures. Pour faciliter ce commerce, il rencontre un groupe important de Montagnais au poste de traite saisonnier de Tadoussac en 1603 où il scelle ni plus ni moins une alliance avec ce groupe Algonkien. Il réalise l’importance de disposer d’un établissement permanent. La ville de Québec devient donc le premier véritable établissement français permanent en Amérique. Ce site qu’il avait remarqué en 1603 comporte selon lui de nombreux avantages. D’abord, il y a abondance de fourrures. Ensuite, cela semble un endroit facile à défendre à cause de la hauteur du Cap Diamant. De plus, le fleuve étant étroit, on peut en contrôler l’accès plus facilement. Enfin, il y a beaucoup de terres fertiles. La colonisation commence donc mais elle progresse à pas de tortue. Il y érige donc l’Abitation.

Aujourd'hui de nombreux éléments démontrent les liens forts qui unissent la ville de Brouage à celle de Québec : rue du Québec et Square du Nouveau-Brunswick à Brouage, rue de Brouage et statue de Champlain à Québec. Par ailleurs, l'église Saint-Pierre a été restaurée avec des dons de la ville de Québec.

La Nouvelle-France est le nom de l'immense territoire qui comprenait toutes les colonies françaises de l'Amérique du Nord, de l'embouchure du fleuve Saint-Laurent au delta du fleuve Mississippi, en passant par le territoire de la vallée de l'Ohio. La Nouvelle-France barrait l'expansion vers l'Ouest des treize colonies anglaises / britanniques côtières, ce qui a occasionné une guerre contre les Français et les Indiens, dans laquelle s'est illustré le colonel britannique George Washington de l'Armée continentale. Il devait par la suite devenir le premier président de la toute jeune république des États Unis d'Amérique.
Lors du premier recensement effectué en Nouvelle-France, en 1666, on comptait quelque 4 000 personnes dans la vallée du Saint-Laurent alors possession de la France. Un siècle plus tard, la population française s'élevait à 90 000 personnes.

Les colons français ayant peuplé le Canada de la Nouvelle-France provenaient principalement des provinces françaises d’Aunis, de Bretagne, de Normandie, de Poitou et de Saintonge ; les colons ayant peuplé l’Acadie étaient principalement originaires des provinces d'Anjou, du Maine et de la Touraine. De plus, les filles du Roy provenaient d'Orléanais alors que quelques dignitaires arrivaient directement d'Île-de-France. Plaisance fut fondé par les Basques du sud-ouest de la France, la Louisiane et la Baie du Nord furent principalement peuplées par les colons déjà établis en Nouvelle-France. La capitale de la Nouvelle-France était la ville de Québec.

Cependant, le déclin de la très cosmopolite ville de Brouage commença. En raison de la baisse du niveau de la mer et à défaut d'une rivière drainante, l'horizon maritime s'éloigna de plus en plus pour laisser place à une étendue de marais, rendant Brouage désœuvrée dans ses principales activités portuaires. L'ascension de la ville de Rochefort, ville voisine préférée par Vauban, plongea Brouage dans l’oubli au XVII° siècle. Les marais salants furent abandonnés, la ville commença à tomber en ruine. De nombreux bâtiments disparurent. De fait, les constructions n'ont jamais occupé tout l'espace disponible à l'intérieur des remparts. À la Révolution, la cité devenue centre de détention logea plusieurs centaines de suspects courant 1793, puis des prêtres réfractaires qui refusaient de jurer fidélité à la République, déportés en provenance des pontons de Rochefort à partir de 1794. En 1885, l'armée quitte définitivement Brouage. La citadelle s’est alors endormie dans sa ceinture de remparts, un parfait carré de 400 mètres de côté avec ses 7 bastions, 11 échauguettes, 2 ports souterrains, 4 poternes, 4 latrines publiques, le tout perdu au milieu des marais.